Q：SWATH技术的原理是什么？我为什么要做SWATH？
　　A：SWATH采集模式是一种新型的MS/MS扫描技术，将扫描范围划分为以25Dalton为间隔的一系列区间，通过超高速扫描来获得扫描范围内全部离子的所有碎片信息，是MS/MSALL技术的扩展。
SWATH技术可以用于蛋白质定量或蛋白复合体的鉴定。
SWATH定量方法基于提取Transition峰面积计算出肽段含量，通过肽段含量推理出蛋白质含量。SWATH定量应用到proteome-wide水平就产生了SWATH定量蛋白组，以此方法为基础可以迅速锁定几个样品间的差异蛋白质。同时，采用SWATH采集模式进行样品中的宿主蛋白分析（HCPs），可以全面、准确定量分析的同时获得MSMS信息，一次进样即可完成任意数量HCPs的定量分析工作，并在30分钟的LC梯度内，完成ppm级HCPs的含量测定。
SWATH和TAP技术联合使用确定蛋白复合体的成分是SWATH技术最常用的应用之一，金开瑞生物高精度质谱平台，开发了一套从实验到生物信息分析的AP-SWATH流程，采用TAP技术将目标靶蛋白的相互作用蛋白特异性富集，然后结合具有高灵敏度、高准确度、高通量等特点的SWATH定量，能够高特异性的准确富集到靶蛋白的特异性相互作用蛋白，实现复合蛋白质的准确鉴定。
Q：SWATH定量蛋白质组做完实验后，能拿到什么结果呢？可以直接用来发文章么？
　　A：SWATH 技术的应用在2013年发表了两篇NM，近期也有不少文章发表。金开瑞目前的SWATH定量蛋白质组的实验流程和结果都是受到业内顶级杂志JPR和MCP公认的，可以直接用于文章的发表。客户不仅可以拿到SWATH定量蛋白质组中的差异蛋白、蛋白的GO和KEGG归类信息、COG归类、不同样本的差异蛋白的聚类分析、差异蛋白的互作蛋白信息等，还可以提供客户指定的分析内容，提供个性化的服务要求，比如转录组和蛋白质组的关联分析。
Q：关于“样品重复”，技术重复和上机重复有什么区别？发表的文章一般要求几次重复呢？
　　A：一般的文章会要求做2~3次实验重复，仅作1次实验是有风险的，因为如果是实验过程出现问题，缺乏结果的评估，往往说服力不够，对文章发表可能构成影响。
技术重复一般和上机重复非常类似，即上质谱的重复，即测试仪器的稳定性，判断系统误差等问题。这一说法主要和质谱仪器的发展进程相关，早期的仪器不是很稳定，同一个样本上机3次，结果差异较大，当前的上机重复仍然在一些JPR和MCP文章中可见，即沿用了早期的习惯。而应用型的文章中，上机重复或技术重复一般没有硬性规定，可以不做，如果做了当然最好，editor就不会再此处找你的问题。
Q：SWATH、iTRAQ和SILAC等相比，我更应该选择哪一种定量方法呢？
　　A： 目前主流的定量蛋白质组方法有5种，分别是iTRAQ、SILAC、MRM(MRMHR)、label-free和SWATH 。其中最流行的是iTRAQ定量蛋白质组方法，该方法不依赖样本，可以做任意样本的总蛋白质的差异定量，而且定量准确，这个层次上label-free虽然也可以做任意样本，但是定量准确度难以保障。SILAC是仅仅适合细胞层次的蛋白质组定量，组织的定量需要摸索或者前人已经摸索的模式，中途测试新组织难度较大，极易失败，细胞层次的SILAC培养费用高昂，不适合做商业化。MRM和SWATH都是目标蛋白质组相关的定量模式，但是SWATH可以完成数千种蛋白的定量，准确度极高，通量远高于MRM，对于亚细胞结构、细菌、真菌、细胞分泌物等样本，SWATH效果非常好。SWATH本身对物种没有偏向性，也是目标蛋白定量的一种，定量结果准确，可以和MRM媲美，发文章更具有说服力，但是一次能定量只能达到2000多个蛋白。
Q：物种没有测序，可以做SWATH么？
　　A：因为当前大量的物种已经测序，预测了相应的基因，未测序的物种可以通过近缘物种的基因序列作为数据库进行蛋白质组的研究。因此，一般来说，未测序物种可以考虑近缘物种的基因组序列作为数据库，可以做蛋白质组。
Q：SWATH技术的优势和缺陷是什么？
　　A：SWATH技术的优势在于灵敏度高，它继承了MRM的数据采集模式，结合高分辨率的Triple-TOF5600 plus质谱系统，具有与MRM相当的灵敏度；且重复样品间的定量相关性可达到0.99以上；定量准确度几乎与MRM技术相当；定量范围可跨越4个数量级；定量的效果非常好。但是一次能定量只能达到2000多个蛋白。