双荧光素酶检测是转录调控研究中十分重要的实验手段，主要应用于启动子和转录因子，以及miRNA和其靶基因互作的验证。在双荧光素酶检测中，将萤火虫荧光素酶作为实验报告基因，海肾荧光素酶作为对照报告基因。实验报告基因用于测试实验条件下基因的表达，而对照报告基因作为内对照。以荧光素为底物来检测萤火虫荧光素酶活性，荧光素酶可以催化荧光素，在荧光素氧化的过程中会发出生物荧光，然后通过化学发光仪测定。
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