蛋白质组(Proteome)指由一个物种或一个细胞、组织表达的所有蛋白质。蛋白质全谱分析目的在于鉴定样本中尽可能多的肽和蛋白质混合物的组分。基于质谱技术的全谱分析，可为蛋白高通量的定量和修饰分析提供参考信息。

金开瑞基于高精度液质联用技术进行蛋白质全谱分析，可以对复杂样本进行蛋白种类分析，并进行相应的生物信息分析包括蛋白质的鉴定、GO分类和代谢通路的分析等，为蛋白质组学提供有力工具。

只要物种在蛋白质组数据库中存在足够多的数据、基因组已知或 EST（或转录组）数据足够丰富，均可进行蛋白质组全谱分析。对以上条件均不满足的物种，可在进行蛋白质组全谱分析的同时，做一个基因组或转录组测序，以便为蛋白质组全谱分析提供支持。因此，理论上，所有的物种均可进行蛋白质组全谱分析。

1）SDS‐PAGE‐LC‐MS/MS分析通过电泳技术对样品中的蛋白质进行分离，对分子量在10KDa~100KDa的蛋白质分离效果好、分辨率高。但是，对分子量小于 10KDa 和大于 100KDa的蛋白质、低丰度蛋白、极端酸碱性蛋白、疏水蛋白（如膜蛋白）的分离则存在一些难以克服的困难；

2）HPLC‐LC‐MS/MS分析通过HPLC对样品中的蛋白质进行分离，分离效能高、灵敏度高、应用范围广、分析速度快，此分离方法在对酸碱性、疏水性的蛋白质分离效果优于SDS‐PAGE分离。HPLC的缺点是存在“柱外效应”，被分离物质的任何扩散和滞留都会显著地导致色谱峰的加宽，产生假阳性。

若待分析对象中包含内在膜蛋白等极性较强的疏水性蛋白质和分子量较大（>100KDa）或较小（<10KDa）的蛋白质时，建议采用 HPLC‐LC‐MS/MS分析法。若待分析对象不以膜蛋白等极性较强的疏水性蛋白质为主且分子量多集中于10~100KDa范围时，建议采用SDS‐PAGE‐LC‐MS/MS分析法。

这取决于分析样品的复杂程度、数据库完善度、蛋白含量和蛋白质组分离程度等。如植物来源的样本中蛋白质种类和数量通常比动物来源的样本多，动物组织样本中蛋白质种类和数量比其血液样本多。通常情况下，全谱分析可以鉴定到1000~3000种蛋白。