亚细胞蛋白质组学（subcellular proteomics）是针对细胞内不同区域结构功能单位的蛋白质组学研究，可以减少全细胞蛋白组分析的复杂性。对亚细胞结构进行功能分析，将定量技术和差异分析引入亚细胞蛋白质组学，来观察亚细胞结构的蛋白质组在某些生理或病理条件下的变化，可加深对细胞生理分子机制和亚细胞组分结构功能的理解。
武汉金开瑞结合多年蛋白组学研究经验，已成功实现对多个亚细胞器组分的定性和定量分析，包括膜蛋白质组、叶绿体蛋白质组、线粒体蛋白质组等。
生物膜是细胞的基本结构，在几乎所有的生命活动中承担着重要的功能，其功能主要通过膜蛋白实现。膜蛋白的功能异常与多种疾病直接相关，其中50％是目前已知药物的作用靶点。膜蛋白质组学研究可用于寻找疾病标志物，筛选药物作用靶点等。
叶绿体是植物进行光合作用的主要场所，是除细胞核外存在遗传物质的细胞器之一。叶绿体蛋白质组学对阐明叶绿体在植物生长发育及代谢调控等生命活动中的规律等方面具有重要意义。
线粒体是细胞能量代谢、生物合成 和细胞死亡的调控中心，其蛋白结构和功能的改变会导致许多疾病的产生。线粒体蛋白质组学研究可为解析线粒体的生理功能、探索线粒体相关疾病的发病机制及促进线粒体为靶向的药物研发提供重要理论依据。
外泌体是一种微分泌囊泡，是细胞 内囊泡转运的产物之一，在抗原呈递、肿瘤的生长与迁移、组织损伤的修复等生理病理过程中起着重要的作用。外泌体蛋白质组可促进外泌体本质阐明和临床应用的进一步研究。
● 线粒体分离纯化
● 叶绿体分离纯化
● 细胞膜分离纯化
● 蛋白提取
● 定量
● SDS-PAGE
● Itraq/TMT
● Label-free
● SWATH/DIA
● PRM
● 定性
● 定量
● 功能注释
● 差异分析
● 亚细胞定位分析
高稳定蛋白提取方法：在主流提取（膜蛋白/线粒体/叶绿体/外泌体等）技术的基础上，优化了提取方案的上下游，使提取纯度在原有基础上增加10-20%，蛋白通量增加15%
高性能质谱系统：配备高性能质谱系统和SWATH全扫描采集方式，有效提升了对极低丰度的亚细胞相关蛋白的鉴定
多数据库整合：通过整合多个相关的高质量蛋白数据库，极大提高亚细胞蛋白定位准确度和通量
多维度数据分析：鉴定蛋白除了与更全的相关亚细胞数据库比较外，同时基于计算方法，使用多款软件进行亚细胞定位预测分析，进一步增加鉴定通量。
