Hi-C 测序
Hi-C (High-through chromosome conformation capture) 是以整个细胞核为研究对象，利用高通量测序技术，结合生物信息分析方法， 研究全基因组范围内整个染色质DNA在空间位置上的关系， 获得高分辨率的染色质调控元件相互作用图谱。
（引自Pueschel R, Coraggio F, et al. From single genes to entire genomes: the search for a function of nuclear organization. Development , 2016 , 143 (6) :910）
武汉金开瑞生物工程有限公司技术顾问、华中农业大学教授，曹罡课题组与华中农业大学李国亮教授课题组在国际著名期刊Nature Genetic（IF=27.125）上联合发表题为“Digestion-ligation-only Hi-C is an efficient and cost-effective method for chromosome conformation capture”的研究论文。该论文主要介绍了一种新的染色体构象捕获技术（DLO Hi-C），此技术信噪比高，质量控制于早期，为解析基因组三维结构提供了一种新型、高效、经济的研究方法。金开瑞现推出了10万个细胞水平的Hi-C建库，实现低起始量的Hi-C建库专业化和标准生信分析服务。
DLO Hi-C技术使全基因组染色体构象捕获实验的成本大大的降低，同时简化了实验步骤，使得实验成功率显著提高，对辅助基因组组装、解析基因组远程调控元件的功能、理解疾病易感位点以及检测染色体结构变异有着重要的意义。Nature Genetics同期发表专门评论性文章，对曹罡教授及其合作者的研究工作给予了较高评价“Lin et al. introduce an elegant dual-linkerstrategy that allows for noise filtering and early quality control.”
DLO Hi-C服务流程
特点：在测序量更少情况下，染色质结构分析数据更多，简化文库构建过程，提升建库成功率。
技术优势
● 微量细胞建库：正常建库与生信分析的样本量可低至10万个核
● 高成功率：细胞样本文库构建成功率几乎为100%
● 建库周期短：只需执行两轮简单的消化和连接步骤即可获得高质量的文库。
● 数据更准确：测序前质检，确保数据准确性
● 分辨率更高：在测序数据量更少的情况下，互作矩阵分辨率更高，染色质结构分析得到的数据也更多
● 较高的信噪比：使用多种措施来减少噪音，保证高质量的数据输出，分析更准确
● 量身定制个性化分析方案：提供DLO Hi-C的标准分析外，更注重与RNA-Seq、ChIP-Seq、ATAC-Seq和甲基化等多组学表观遗传分析，提供个性化的生信分析方案
研究思路
Hi-C可以与RNA-Seq、ChIP-Seq、ATAC-Seq等数据进行联合分析，从基因调控网络和表观遗传网络来阐述生物体性状形成的相关机制。
结果展示
1、几种不同的Hi-C衍生方法的对比分析
2、几种不同的Hi-C的衍生方法的矩阵图
3、较优的三种Hi-C衍生技术的A/B compartments 、TADs、Loops的数据读取。
（引自Lin D, Hong P, et al. Digestion-ligation-only Hi-C is an efficient and cost-effective method for chromosome conformation capture. Nature Genetics, 2018 , 50 (5)）.
应用案例
| 题目 | 期刊 | 影响因子 | 实验方法 | 关键词 |
|---|---|---|---|---|
| LHX2-and LDB1-mediated trans interactions regulate olfactory receptor choice | Nature | 41.577 | Hi-C+RNA-seq +ChIP-seq | 小鼠嗅觉感受器、成熟嗅觉神经元、FAC、水平基底细胞 |
| Genetic determinants of co-accessible chromatin regions in activated T cells across humans | Nature Genetics | 27.125 | Hi-C+RNA-seq +ATAC-seq | T细胞、CD4+T细胞、免疫性疾病、eQTL |
| Attenuated chromatin compartmentalization in meiosis and its maturation in sperm development | Nature Structural &Molecular Biology | 13.333 | Hi-C+ RNA-seq+ ChIP-seq | 减数分裂、精子细胞、三维染色质分隔减弱 |
| Promoter interactome of human embryonic stem cell-derived cardiomyocytes connects GWAS regions to cardiac gene networks | Nature Communications | 12.353 | Hi-C+ GWAS+Western blot+CRISPR/Cas9 | 干细胞、心肌细胞、心脏基因网络 |
| Integration of human adipocyte chromosomal interactions with adipose gene expression prioritizes obesity-related genes from GWAS | Nature Communications | 12.353 | Hi-C+GWAS+eQTL | 脂肪细胞、染色质、肥胖基因、PPARG和CEBPB |
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